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在土木堡一役中，大明勋贵群体遭到了毁灭性打击，包括太师英国公张辅、泰宁侯陈赢、驸马都督井源、平乡伯陈怀、襄城伯李珍、遂安伯陈埙、修武伯沈荣、都督梁成、王贵等在内的诸多名将战死，明成祖朱棣留下的五十万大军全军覆没，最为精锐的三大营部队亦随之毁于一旦，军火武器研发亦被大大阻碍。
随着开国武人勋贵集团和靖难功臣集团在土木堡之变被消灭殆尽，皇帝只能通过内廷的宦官来制衡文官集团以贯彻自己的意志和整个国家的意志，文武大臣和君主离心离德，国势日蹙。
由于承袭爵位的勋贵们并没有任何拿得出手的功绩，所以勋贵集团在朝堂上的话语权也大打折扣，大明文武均衡的姿态被打破，文贵武贱的态势迅速形成并延续至今。
受到土木堡之变影响的还有大明的内阁。
正统前期政归内阁，三杨为轴，制度也渐趋完善，但无法阻止自身实际作用的逐渐下降。
土木事变发生前后，内阁作为与皇帝最为亲密的辅政机构，未能发挥出其应有的作用，既未阻止先期的王振擅权，在后期的北京保卫战和景泰、天顺的风云交替中也毫无建树，表现十分羸弱，于军国大事退避三舍。
这段时期，内阁只能尴尬地任由宦官专政，或被皇帝轻视而任用于谦，倾心委政，以至朝臣不满，上书称于谦太过专权，请求六部大事须与内阁一同奏报施行，或是任由石亨、曹吉祥等奸佞决定摆布。
一百多年下来，文臣们对武将的蔑视已经渗透到骨髓之中，所以在看到朱由检有拔高武将地位的企图时，朝堂上虽然并没有公开反对皇帝的声音出现，但大多数文臣的心里还是感到不满的，这也是内阁中大多数人淡化吕宋岛屠杀事件的原因。
他们不想看到武人崛起，更不愿与粗鄙武夫共商国是，所以就不愿意在内外平定的局面下，武将们能有再立新功的机会。
“依白谷、建斗之意，此次当建言圣上派发大兵予以征伐为好？
